ここは新宿歌舞伎町。歌舞伎町のホスト・凌介（戸塚純貴）はアメリカ帰りに、日本人で初めて未知の新種ウイルス・ルミナに感染してしまう。このウイルスは歌舞伎町ウイルスと呼ばれ、ＥＣＭＯを使用しないケースで、熱が下がらないまま５日以上生き延びたという報告例がない、とても危険な感染症。凌介の感染を境に、日本国内にルミナの感染が拡大してしまう。国家資格を取得し、勝どき医療センターの研修医として働いていたヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）や、高峰享（仲野太賀）ら聖まごころ病院の医師たちも、それぞれの場所でこの未知なるウイルスに対してどうするかを考えていた。

時を同じくして、外国人の相談を受けていたＮＰＯ法人『Ｎｏｔ　Ａｌｏｎｅ』は非難の的となり、南舞（橋本愛）たちの活動も制限されてしまっていた。東京都の感染者数が１００名を超えた頃、研修中だが２週間休みとなったヨウコが久しぶりに聖まごころ病院に戻ってきた。ルミナウイルス専用の病床を聖まごころ病院に作るべく戻ってきたヨウコだったが、そんな中、高峰啓三（生瀬勝久）がルミナに感染してしまう。その原因が一緒に生活していた自分にあると感じ、自分を責める享だったのだが…。

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