西条唯（松岡茉優）の家に、１０年前に亡くなった父親・西条真（堀部圭亮）の遺品が送られてきた。そのほとんどが仕事に関するものだったが、手帳に「カッパの真ん中　６０５」という謎の書き込みを見つける。それは真の死亡日・９月１０日の欄に記載されていた。書き込みの意味が分からない西条は、吉良ます美（田中みな実）と基山伊織（滝沢カレン）に話をする。９月１０日は西条が実家で過ごす最後の日で、翌日から一人暮らしを始める予定だった。真は最後に「特別なプレゼントを用意する」と言い残していた。真の気持ちが理解できない西条。

一方、芹沢直樹（中村蒼）は小鳥遊署管内で発生した空き巣事件を捜査していた。盗まれたのは歯ブラシだけのようだ。立て続けに同じ手口の事件が起こり、そこではうがい用のコップだけが無くなっていた。西条が被害に遭った住宅を調べたところ、侵入口付近にあったのはオランウータンの足跡だった。報告を芹沢らに笑われた西条は、吉良と基山を連れて大学の動物行動学研究室へと向かう。不在の教授に代わって応対する大学院生の今野勇気（猪塚健太）に、西条はオランウータンに空き巣の犯行が可能かと真剣に尋ねる。

その頃、杉田翔（泉澤祐希）らは爆破事件の鑑識作業をしていた。被害は小規模なものだったが、島根太一（マギー）は爆弾に付いていたマークが気にかかる。さまざまな謎が絡まり合う中、ギークスの最後の推理が始まる…！

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